近代RTO装置大多采用PLC( Programmable Logic Controller)编程控制系统来实现全自动控制。可编程序控制器是一种数字运算操作的电子系统，可用于各类工业设备、装置的控制。PLC采用了可编程序的存储器，用来在其内部存储执行逻辑运算、顺序控制、定时、计数和算术运算等操作指令，并通过数字的或模拟的输入和输出来控制各种机械设备或生产过程。

基于对装置系统各重要部位的参数测定，例如对进、出口气体的参数(浓度、温度、流量等),燃烧室、燃烧器、蓄热体床层、阀体等重要参数(例如：温度、压力、燃料供给量等)的测定，并迅速反馈。用PLC强大的通讯模块可方便地对装置系统进行远程控制和数据采集，并实现实时监控；以及采用触摸式显示屏( Panelview)使操作十分方便。基于PLC的温度安全系统TSS( Temperatur Saftety System)可以确保装置各部位在正确的温度条件下运行。

例如：燃烧室的温度传感器能快速反应炉膛内温度，并通过PIC系统快速调节高温旁路阀门的开度，使燃烧室温度稳定在预定的水平；当温度超过规定值时，系统自动发出报警；若温度超过了限值，则系统自动进入保护运行程序。为节省风机电耗，采用变频调节系统VFD( Variable Frequency Drive)来适应废气流量的变化，特别当废气源来自多个生产过程时应用VFD更为合适；通过改变风机的转速，使风机的功率与生产过程的需求相匹配，即有多大风量，就用多大功率，使电能消耗最小。燃烧系统设有点火前自动吹扫、熄火保护、超温警报、超温自动切断燃料供绐保障系统等设施；以及通过PID(光离子检测器)的在线检测，通过燃烧室内温度的反馈信号来调节燃烧器供热能力。